调研指导组通过现场查阅相关纸质资料、对临床医生和传染病网报人员开展知识测试、查看电子病历系统相关信息并与中疾控网报信息进行比对等方式，对区县卫生健康行政部门对传染病报告管理工作的经费保障、政策保障和检查组织情况，区县疾控中心的业务管理、培训和人员保障情况，医疗机构的业务管理、培训和传染病报告质量等方面的内容进行了全面指导，指出存在的问题并提出建议。